Die Vrye Gereformeerde Kerke in Suid-Afrika strewe na eenheid in leer, diens en tug met die kerke elders in die wêreld wat die kenmerke van die ware kerk (soos aangedui in Art.29 van die Nederlandse Geloofsbelydenis) nie net op papier handhaaf nie, maar ook in die praktyk van die kerklike lewe vertoon. Daar is susterkerk verhoudings met:
Na 2017 was daar slegs ‘n beperkte susterkerkverhouding met die GKv. Sinode Belhar 2021 van die VGKSA het besluit om die susterkerk verhouding met die GKv te beëindig wanneer die GKv met die Nederlands Gereformeerde Kerken (NGK) verenig. Die vereniging het op 1 Mei 2023 plaasgevind, en gevolglik het die VGKSA vanaf daardie datum geen susterkerk verhouding met die GKv nie.
Die Vrye Gereformeerde Kerke is ook lid van die International Conference of Reformed Churches (ICRC), waarvan tientalle gereformeerde kerke van dwars oor die wêreld lede is. Hierdie Internasionale Konferensie is in die lewe geroep deur kerke wat geen moontlikheid (meer) gesien het om lid te wees van die Gereformeerde Ekumeniese Raad (GER) nie. Broederlike kontakte word onderhou met die ICRC lidmate, spesifiek met: